Σε περίπτωση εστιακών βλαβών στο ήπαρ, για τις οποίες ο υπέρηχος ή και άλλες απεικονιστικές εξετάσεις δεν αρκούν για την οριστική διάγνωση, υπάρχει ανάγκη λήψης τμήματος ιστού με βιοψία ώστε να τίθεται η διάγνωση με τη βοήθεια παθολογοανατόμου. Η λήψη βιοψιών από εστιακές βλάβες στο ήπαρ αλλά και από άλλα ενδοκοιλιακά όργανα μπορεί κατά κανόνα να γίνει με τη βοήθεια υπερηχογραφικής καθοδήγησης. Με τη βοήθεια των υπερήχων ανευρίσκεται η καταλληλότερη πορεία για τη βελόνα βιοψίας, γίνεται προώθηση της βελόνας διαδερμικά μέχρι την εστιακή βλάβη, διορθώνοντας διαρκώς την πορεία της υπερηχογραφικά. Εκεί ενεργοποιείται ο αυτόματος μηχανισμός της βελόνας για λήψη βιοψίας, ενώ ο ιστικός κύλινδρος που αποκτήθηκε τοποθετείται σε ειδικό φιαλίδιο που περιέχει κατά κανόνα υγρό συντήρησης, τη φορμόλη. Το φιαλίδιο αυτό αποστέλλεται αργότερα στο παθολογοανατομικό εργαστήριο. Η επέμβαση γίνεται υπό άσηπτες συνθήκες, έχει προηγηθεί νηστεία 8 ωρών, δεν υπάρχει αναγκαιότητα ενδοφλέβιας καταστολής παρά μόνο τοπικής αναισθησίας, ο δε ασθενής πρέπει μετά τη λήψη βιοψίας να παρακολουθηθεί στην κλινική για τουλάχιστον 24 ώρες. Για αποκλεισμό επιπλοκών γίνεται υπερηχογραφικός έλεγχος του οργάνου βιοψίας, τόσο άμεσα μετά την επέμβαση όσο και 24 ώρες μετά. Τα αποτελέσματα της βιοψίας είναι συνήθως διαθέσιμα μετά 2-3 εργάσιμες ημέρες. Τα μεγάλα πλεονεκτήματα της μεθόδου αυτής σε σύγκριση για παράδειγμα με την καθοδηγούμενη βιοψία με τη βοήθεια αξονικού τομογράφου είναι η έλλειψη ακτινοβολίας καθώς και η ευρύτητα διάδοσης των συσκευών υπερήχων.