Σε περίπτωση ανεύρεσης παθολογίας στο λεπτό έντερο κατά την εξέταση με την κάψουλα, όπως μία αγγειοδυσπλασία που αιμορραγεί ή και εστία φλεγμονής που χρήζει λήψης βιοψιών, πρέπει να διενεργείται ακολούθως ενδοσκοπική εξέταση του λεπτού εντέρου, η εντεροσκόπηση. Για το σκοπό αυτό χρησιμοποιούνται σήμερα ευρέως 2 τεχνικές, μία εκ των οποίων είναι η εντεροσκόπηση με μονό μπαλόνι. Η προσφάτως αναπτυχθείσα και πολλά υποσχόμενη εντεροσκόπηση με σπιράλ αποσύρθηκε δυστυχώς λίγο χρόνο μετά την ευρεία κυκλοφορία της από την εταιρεία παραγωγής εξαιτίας εμφάνισης σχετικά συχνών σημαντικών επιπλοκών. Για την εντεροσκόπηση με μονό μπαλόνι χρησιμοποιείται ένα λεπτό εύκαμπτο ενδοσκόπιο που έχει μεγαλύτερο μήκος από αυτό των κολονοσκοπίων, πάνω στο οποίο προσαρμόζεται ένας πλαστικός ημι-εύκαμπτος διαφανής σωλήνας στο απομακρυσμένο άκρο του οποίου υπάρχει ένα μπαλόνι, στο οποίο είναι δυνατό ανάλογα με τη βούληση του εξεταστή να γίνεται από ειδική συσκευή εμφύσησης αέρα. Με τον τρόπο αυτό προωθούνται εναλλάξ το ενδοσκόπιο και ο πλαστικός σωλήνας στο λεπτό έντερο και με τη βοήθεια του σωλήνα με το μπαλόνι έλκεται τμηματικά το λεπτό έντερο πάνω στο εντεροσκόπιο δίνοντας τη δυνατότητα στον εξεταστή να εξετάσει μεγάλο τμήμα του λεπτού εντέρου, όχι όμως και όλο το λεπτό έντερο. Μέσω του καναλιού εργασίας του εντεροσκοπίου μπορούν να γίνουν όλες οι απαραίτητες ενέργειες στο λεπτό έντερο. Το απομακρυσμένο άκρο της εξέτασης μαρκάρεται με ειδική χρωστική που εγχέεται στο τοίχωμα του λεπτού εντέρου, ώστε ο εξεταστής να μπορεί να γνωρίζει το ακριβές σημείο που τελείωσε η εξέταση σε περίπτωση επανάληψής της από την αντίθετη οδό, μιας και η εξέταση μπορεί να διενεργείται τόσο από το στόμα όσο και από τον πρωκτό με σκοπό την απεικόνιση του μεγαλύτερου δυνατού τμήματος του λεπτού εντέρου. Η εξέταση διενεργείται κατά κανόνα με ενδοφλέβια καταστολή χωρίς ανάγκη γενικής αναισθησίας, η διάρκειά της είναι συνήθως περισσότερη από 1 ώρα και συνδυάζεται με εισαγωγή στην κλινική τουλάχιστον μίας ημέρας. Απαραίτητη προϋπόθεση είναι και εδώ η προετοιμασία του ασθενή, ανάλογη μίας κολονοσκόπησης (αναλυτικές πληροφορίες για προετοιμασία εδώ).