Στη διάρκεια μίας κολονοσκόπησης, αλλά και σε μία γαστροσκόπηση όπως και σπανιότερα σε μία εντεροσκόπηση λεπτού εντέρου, μπορεί να ανευρεθούν πολύποδες. Από τους πολύποδες αυτούς έχουν ιδιαίτερη σημασία εκείνοι που φέρουν αδενικό ιστό, μιας και έχουν αποδεδειγμένα την ικανότητα να αυξάνουν σε μέγεθος αλλά και στην πάροδο του χρόνου πιθανά να εξαλλάσσονται σε κακοήθεις. Για το λόγο αυτό όλοι οι αδενοματώδεις πολύποδες πρέπει να αφαιρούνται, εφ’ όσον είναι δυνατό, ενδοσκοπικά. Μία ευρέως διαδεδομένη μέθοδος είναι η τεχνική της βλεννογονεκτομής, κατά την οποία γίνεται έγχυση με ειδικό καθετήρα φυσιολογικού ορού πιθανά με πρόσμιξη αιμοστατικής ουσίας αλλά και μερικές φορές ειδικής χρωστικής στον υποβλεννογόνιο χιτώνα κάτω από τον πολύποδα, ώστε να δημιουργείται ένα μαξιλάρι ασφαλείας για την προστασία των βαθύτερων στρωμάτων του τοιχώματος κατά την πολυπεκτομή. Ακολούθως συλλαμβάνεται ο πολύποδας με ειδικό βρόγχο οπότε και αφαιρείται είτε χωρίς (cold EMR) είτε με εφαρμογή ρεύματος υψηλής συχνότητας (hot EMR) και αποστέλλεται για ιστολογική εξέταση. Ανάλογα με τη θέση του πολύποδα και την έκταση της επιφάνειας πολυπεκτομής αποφασίζει ο θεράπων ιατρός αν θα γίνει σύγκλεισή της με ειδικά μεταλλικά clips προς αποφυγή καθυστερημένων επιπλοκών.

Μία βελτιωμένη παραλλαγή της κλασσικής βλεννογονεκτομής είναι η διενέργεια αυτής σε υγρό περιβάλλον (under water EMR). Στην περίπτωση αυτή ο εξεταστής κάνει έγχυση μέσω του ενδοσκοπίου φυσιολογικού ορού, ώστε να γεμίσει πλήρως ο αυλός του εντερικού σωλήνα πλησίον του πολύποδα με το υγρό στοιχείο. Με τον τρόπο αυτό επιτυγχάνεται η ταυτόχρονη διάταση της μυϊκής στιβάδας του εντερικού τοιχώματος, όχι όμως και του επιφανειακού βλεννογόνου, ο οποίος επιπλέει μέσα στο υγρό στοιχείο και έτσι εισέρχεται ευκολότερα μέσα στον ανοικτό βρόγχο της πολυπεκτομής. Με την μέθοδο αυτή δεν υπάρχει ανάγκη υποβλεννογόνιας έγχυσης, η βλάβη στο τοίχωμα μετά την πολυπεκτομή είναι πιο επιφανειακή, ενώ η διάρκεια της πολυπεκτομής ελαττώνεται σημαντικά αφού κατά κανόνα μεγαλύτεροι πολύποδες μπορούν και αφαιρούνται στο σύνολό τους σε ένα βήμα (in toto) και όχι τμηματικά (piece meal).