Μία από τις σημαντικότερες εξετάσεις στην ειδικότητα της γαστρεντερολογίας είναι ο ενδοσκοπικός υπέρηχος, ο οποίος μπορεί να είναι τόσο διαγνωστικός όσο και επεμβατικός, σε μερικές δε περιπτώσεις μπορεί και αντικαθιστά μία χειρουργική επέμβαση. Πρόκειται για τον συνδυασμό μίας ενδοσκοπικής και ταυτόχρονα υπερηχογραφικής εξέτασης. Το όργανο που χρησιμοποιείται είναι αντίστοιχο ενός γαστροσκοπίου με τη διαφορά ότι στο απομακρυσμένο πλάγιο άκρο του είναι εγκατεστημένη τόσο μία κάμερα όσο και μία πολύ μικρή υπερηχογραφική κεφαλή. Με τον τρόπο αυτό καθίσταται δυνατό ο εξεταστής να έχει ταυτόχρονα ενδοσκοπική πρόσβαση στο εσωτερικό του ανώτερου πεπτικού συστήματος ή και του ορθού, αλλά και υπερηχογραφική απεικόνιση τόσο των στρωμάτων του τοιχώματος του εντέρου όσο και των ενδοκοιλιακών οργάνων που βρίσκονται σε άμεση γειτνίαση με τον πεπτικό σωλήνα. Με τον ενδοσκοπικό υπέρηχο ανοίγουν διαρκώς νέοι ορίζοντες στον τομέα της γαστρεντερολογίας, τόσο στο απεικονιστικό-διαγνωστικό κομμάτι όσο και στο επεμβατικό. Πολλές φορές η ευκρίνεια και η ακρίβεια της απεικόνισης βλαβών σε όργανα, όπως το πάγκρεας και τα χοληφόρα αγγεία, είναι ανώτερη αυτής μίας αξονικής ή και μαγνητικής εξέτασης. Για το λόγο αυτό ασθενείς με πάθηση στο πάγκρεας, στα χοληφόρα αγγεία, με ευμεγέθεις λεμφαδένες στο χώρο μεταξύ των δυο πνευμόνων αλλά και κοντά στον ανώτερο γαστρεντερικό σωλήνα, ασθενείς με ενδοτοιχωματικό μόρφωμα στον γαστρεντερικό σωλήνα ή και εκείνοι με κακοήθη εξεργασία στο ορθό έχουν απόλυτη ένδειξη για διερεύνηση με ενδοσκοπικό υπέρηχο. Ασθενείς επίσης με ανεξήγητο πόνο στο ανώτερο κοιλιακό τοίχωμα, που ήδη έχουν διερευνηθεί με γαστροσκόπηση ή και διαδερμικό υπέρηχο χωρίς παθογνωμονικά ευρήματα, έχουν επίσης ένδειξη για εξέταση με ενδοσκοπικό υπέρηχο. Ασθενείς με ακράτεια κοπράνων, είτε μετά από επέμβαση στην περιοχή όπως η αιμορροιδεκτομή είτε και χωρίς να έχει προηγηθεί επέμβαση, πρέπει να εξετάζονται με τον ενδοσκοπικό υπέρηχο, που μπορεί να δώσει ακριβείς πληροφορίες για την ανατομική επάρκεια των 2 σφιγκτήρων μυών στην περιοχή αυτή. Ο ενδοσκοπικός υπέρηχος παρέχει εκτός της υψηλής ικανότητας απεικονιστικής διάγνωσης και τη δυνατότητα λήψης βιοψιών από όργανα κοιλίας που βρίσκονται σε άμεση γειτνίαση με τον πεπτικό σωλήνα, όπως και παροχέτευσης παγκρεατικών κύστεων μετά από μία οξεία παγκρεατίτιδα. Ο ενδοσκοπικός υπέρηχος προϋποθέτει αποχή από φαγητό τουλάχιστον 8 ωρών και από υγρά τουλάχιστον 4 ωρών, διενεργείται δε με ενδοφλέβια καταστολή χωρίς ανάγκη γενικής αναισθησίας. Η εξέταση διαρκεί από 20 λεπτά μέχρι και μία ώρα στην περίπτωση επεμβατικής πράξης. Πραγματοποιείται κατά κανόνα σε εξωτερική βάση και ο ασθενής επιστρέφει την ίδια μέρα στο σπίτι.